Basada supuestamente en los hechos anunciados por el Apocalipsis y vaticinados por los manuscritos del Mar Muerto, la historia nos narra cómo todos los recursos tecnológicos y económicos de la civilización son puestos a disposición de unos pocos elegidos, cuya tarea será evitar la destrucción de la humanidad.
El 13 de septiembre del año 2000 de la era cristiana tiene lugar la colisión de un asteroide contra la Tierra, en el hemisferio sur, más exactamente, en la Antártida. Este fenómeno es denominado 'Segundo impacto' (que se refiere la colisión de un asteroide o meteorito contra la Tierra en la Antártida, la cual hizo derretir los polos). Pero ésta es la explicación pública del suceso; la realidad del Segundo impacto tiene que ver con la irresponsabilidad de un grupo de científicos, que realizaron experimentos a partir de los restos de una criatura gigantesca encontrada allí.
Como consecuencia de esta hecatombe, el caos se apodera de la civilización. El nivel de las aguas sube debido a la fusión de las masas polares, la rotacion de la tierra cambia; los cambios climáticos afectan a las cosechas, ciudades enteras son arrasadas, y gran parte de los humanos perecen. Las Naciones Unidas inician la reconstrucción de la civilización, y al llegar al año 2015, nos encontramos con un mundo en una relativa paz y prosperidad.
Es en ese momento cuando una nueva amenaza se cierne sobre la castigada especie humana: Un ser de origen desconocido, denominado "Tercer Ángel" o simplemente "Sachiel", avanza imparable sobre la recientemente reconstruida ciudad de Tokio 3.
Las fuerzas militares nada pueden hacer contra este ser misterioso, por lo que se convoca a una organización secreta, dependiente de las Naciones Unidas, llamada NERV ("nervio", en alemán) para que tome cartas en el asunto.
NERV posee varias bases esparcidas por todo el planeta, pero es en especial la situada bajo Tokio 3 el destino del ser desconocido. Allí se encuentra Gendō Ikari, científico superviviente de la misión enviada a la Antártida en el año 2000, como cabeza visible de la organización. Su hijo Shinji Ikari, junto a otros jóvenes seleccionados tiene la tarea de manejar las unidades Evangelion, enormes seres humanoides (no son robots) capaces de enfrentarse a los misteriosos ángeles.
Este primer enfrentamiento resulta en una victoria 'extraña' para Nerv, pero sólo fue vencido el primero de una serie de enviados destinados a acabar con la civilización. Le seguirán otros, de distinta naturaleza. Si bien los primeros ángeles realizan ataques físicos, que pueden vencer las unidades Evangelion, luego cambiarán sus métodos de acción, llegando a encontrarnos con ataques psíquicos directos a los pilotos, virus informáticos, posesiones de otra unidad Eva, e incluso ataques a través de una sombra tetradimensional.
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